Hola, @odracir:
Este plugin está pensando principalmente en la mejora de la experiencia de usuario al momento de completar los formularios de direcciones y no tanto en la gestión de las zonas de envío.
Aun así, como te habrás dado cuenta, el plugin a?ade los departamentos (en el caso de Perú) a las Región(es) de la zona y los puedes seleccionar al establecer una nueva zona de envío. Por lo pronto, no es posible a?adir de forma nativa divisiones de menor nivel, como los distritos. Para ello tendrías que seguir trabajando con los códigos postales (no muy práctico, lo sé) o con un plugin adicional de gestión de zonas de envío como WooCommerce Advanced Shipping (es de pago), que te permite crear reglas basadas en campos específicos como el de ciudad. De todos modos, no descarto la idea de a?adir esta mejora el futuro.
Saludos cordiales,
Yordan.