Основной вопрос не в том, что скрипты в хедере, а в том, что на каждой странице. Весят они почти мегабайт и, мягко говоря, не нужны на всём сайте. Скрипты должны грузиться только на странице с установленным плагином.
Сам задался тем же вопросом после установки и проверки на гугле.
Мягко говоря, неправда. Размер самого скрипта API 38,73 Kb. Когда он расположен в футере, то он практически не влияет на оценку Google Pagespeed, так как не мешает отображению контента страницы, т.к. располагается после него. Загрузится он один раз и больше вас не потревожит, если дальше будут грузиться только карты. Если вас интересует рейтинг, то сайты c YaMaps легко набирают 90-100% при должном тюнинге WP и сервера, влияние плагина тут минимально.
P.S. Если есть предложения по улучшению плагина, то добро пожаловать на гитхаб – код-то открытый, улучшения принимаются и приветствуются.