Ah, good. Estamos progresando ?? El problema es el tiempo de cacheo de W3TC.
Para no ser redundante, acá se explica lo que está pasando: WordPress caching and nonces lifespan. Léelo primero, y luego continua abajo.
?Listo? Ok.
WPP (y muchos otros plugins) utiliza una funcionalidad de seguridad conocida como Nonce para actualizar el número de visitas que reciben tus páginas. Básicamente, el Nonce es un “token”.
Lo que está sucediento es ésto: el token expira (si mi memoria no me falla, dura 24 horas aprox), WPP solicita uno nuevo, pero tus páginas siguen utilizando el token viejo porque W3TC lo tiene cacheado. ?El resultado? WPP detecta el token viejo y descarta la operación asumiendo que se trata de un ataque.
Para resolver el problema, tienes que reducir el tiempo de cacheo de W3TC. Te sugiero que lo configures para que expire cada 1 hora, tal y como funciona por defecto en WP Super Cache (creo que por defecto W3TC mantiene las páginas en caché por 24 horas, o algo así).
Cuando hayas cambiado la configuración, limpia el caché de W3TC y WPP debería empezar a registrar las visitas nuevamente sin problema.