?Hola! Estoy teniendo el mismo problema, pero sólo en un sitio (en otro sitio con una configuración muy similar funciona bien). Lo que ocurre es que funciona Mercado Pago como opción de pago pero no aparece Mercado Envíos como opción.
Las versiones instaladas son:
WooCommerce Mercado Pago Versión 4.0.8
WooCommerce 3.7.0
Theme X 7.0.2
Gracias.