Hola,
es que pienso que no deberías pensar en privatizar las carpetas a nivel de sistema que es cómo lo estás enfocando y deberías con los plugin privatizar al acceso a las carpetas a nivel de software, a nivel de WordPress.
El acceso físico a las carpetas ya está privatizado de por sí por el servidor, no se puede entrar desde el navegador a las carpetas, eso lo hace sólo WordPress. Entonces con los plugins haces que los archivos cuelguen de unas páginas a las que sólo se puede acceder logado. Con eso debes conseguirlo.