まず、
* ショートコードの目次が表示されない
* カスタムCSSが効かない
は別の問題ですよね？
ショートコードでカスタムCSSを出力している という事ではないですよね？
ショートコードはどんなものなのか、わからないので回答が難しいです。
CSSも具体的にどこに何を書いてどうなるはずがどうなっているかがわからないので回答が難しいです。
バックアップをとったり、開発環境を作った上で、テーマを変更して改善するかどうかを確認するとテーマ依存の問題なのかその他の問題なのかわかると思います。
おそらくテーマに起因する問題ではないので、日本語フォーラムで質問した方が解決が早いと思います。
https://ja.www.ads-software.com/support/forum/how-to-and-troubleshooting/
