Шорткоды можно указывать в файле plugin.php
Может быть есть более цивилизованный метод: автору по этому поводу привет.
Вот как у меня выставлены два шорткода: caption и yandexMap.
$vvv = array("<notg>[caption", "/caption]</notg>", "<notg>[yandexMap", "/yandexMap]</notg>");
$xxx = array("[caption" , "/caption]" , "[yandexMap" , "/yandexMap]" );
$text = str_replace ($xxx, $vvv, $text);